Профсоюзные организации, составляющие основу профсоюза стали складываться на рубеже 90-х годов ХХ века на базе общественных обьединений выпускников Государственной морской академии им.адмирала С.О.Макарова, ставших впоследствии офицерами флота, работниками береговых организаций транспорта Северо-Западного региона некогда единой большой страны...
В этот сложный для России период профсоюзам нужно было срочно и адекватно реагировать на качественные изменения в трудовых отношениях на морском флоте, связанные с полной интернационализацией профессии моряка,c изменениями на политической карте страны - Калининградская область оказалась географически отрезанной от основной территории России, государства Прибалтики стали самостоятельными. В этой связи огромную признательность следует высказать братским демократическим профсоюзам моряков Литвы. Латвии. Эстонии. которые в период своего собственного становления уделяли должное внимание проблемам моряков Северо-Западного региона бывшего СССР и наши совместные начинания в деле социальной защиты моряков находили их понимание и поддержку.
Окончательно профсоюз сформировался к апрелю 1995 года, объединяя работников плавсостава, трудящихся других морских специальностей западных регионов России, в силу географического и экономического положения создающих единое экономическое пространство смежных водных бассейнов Российской Федерации на ее западных рубежах.
Совместные действия профсоюзов, общие проблемы и задачи дали возможность участия профсоюза в деятельности Международной Федерации транспортных рабочих и Международной Конфедерации профсоюзов работников водного транспорта (МКПРВТ). С 1997 года профсоюз - коллективный член этих организаций.
Углубляющееся сотрудничество с европейским рабочим движением позволило профсоюзу в 1999 году наряду с некоторыми другими организациями, входящими в МКПРВТ стать одним из учредителей Европейской Федерации транспортных рабочих (ЕФТ).
В тот же период при поддержке МКПРВТ началось сотрудничество со структурами Международной морской христианской ассоциации, обеспечивая решение вопросов социальной защиты моряков также и через структуры этой организации. В соответствии с заявленными целями профсоюз защищает и представляет социально – трудовые права и интересы работников морского транспорта, сотрудничает с российскими и международными учреждениями, занимающимися социально-экономическими и гуманитарными вопросами. Официально зарегистрирован в Управлении Юстиции Санкт-Петербурга Министерства Юстиции Российской Федерации в ноябре 1996 года.